元治元年（1864）生，其父曾禰詳藏是山口縣長州藩（萩）藩士，因無子故招贅同藩家老宍戸潤平之三男荒助（1849-1910）為婿養子，荒助成婚不久後即繼承了曾禰家督之位，2年後吉彌才出生，不久詳藏即過世，吉彌等於是在荒助跟前長大的。曾禰荒助在明治維新之時頗受重用，負有重任，明治26年（1893年）已升任法國公使，明治35年（1902）更受封華族男爵，明治40年（1907）任朝鮮統監，曾禰荒助一脈是明治時期的望族。
但曾禰吉彌似乎沒有得到姐夫荒助刻意的培養和家族的財富。自藩塾結業後，明治23年到27年（1890～1894）只有在陸軍戶山學校及眾議擔任低等文員，因辦事勤勉得到些許嘉獎，職位上並沒有升等。明治27年（1894）曾禰氏確定分家，荒助承襲士族家主及大量財富，吉禰則在東京另立戶口，降為平民，財力上也略顯不足。明治28年（1895）5月12日收到眾議院的非職通知，5月14日進入陸軍省大本營，準備隨軍進攻臺灣，仍為雇員，沒有品階，也沒有被列在各支隊名單中。
明治28年（1895）5月16日曾禰吉彌收到「派遣到臺灣的命令」，調令上沒有職務，只稱一切遵照派遣，於是他在一片茫然中，搭上橫濱丸從廣島宇品港出發，6月6日抵達上陸基隆，14日隨軍抵達臺北 ，先是在總督府官房任勤務，後調任祕書課勤務，都是判任官。曾禰荒助在明治30年（1897）就任內閣通信大臣，遠在臺灣的吉彌總算得到庇護，同年4月8日升任總督府二等郵便局長，敍高等官七等，過後9年內歷任臺中及臺北郵便局長。
明治39年（1906）10月曾禰氏終於升敍高等官六等，五級俸下賜後，第一次因病（瘧疾）自願辭職並回到東京神奈川縣休養，同時通過了高等文官考試。明治41年（1908）8月因原基隆廳長橫澤次郎被補入獄，繼任的脇本彬不久因〈文官分限令〉被退官，曾禰氏臨危受命，從東京回到臺灣任基隆廳長，隔年8月地方行政制度再次變動，基隆廢廳，曾禰氏同樣以〈文官分限令〉第十一條第四號休職，回到總督府再任通信事務官，分發任臺南郵便局長。 明治45年（1912）因為養兄及長子連接過世短期回到日本奔喪，喪假結束後很快就回到臺灣，直到大正2年（1913）敍高等官四等，再度以染疫為由，第二次申請退官。
曾禰氏退官之後，除了擔任臺灣炭礦株式會社的監查人外， 並且成為總督府官鹽專賣人，負責嘉義地區的官鹽專賣， 雖然這類的職業被日本本土的學者批評是官僚酬庸，大加反對，但畢竟是曾禰吉彌自己的努力，與在日本本土已經氏微，富不過三代的曾禰荒助一脈已經沒有太大的關係 ，在日本的曾禰荒助一脈對嫡子吉彌除了一張合照外，完全沒有留下任何的記錄。曾彌氏在昭和10年左右病逝於臺北家中，依慣例，遺骨應運回日本曾彌家墓，但當時曾彌家已破敗不堪，嫡系幾乎無人存亡，也許留在臺灣三板橋墓地亦未可知。
